Cтудентське самоврядування в НаУКМА офіційно започатковане 1995 року (саме тоді було створено першу Студентську колеґію) і належить найпотужніших в Україні. Представники студентського самоврядування — повноправні члени найвищих органів управління університетом – Академічної конференції, Вченої ради, ради факультетів тощо.