Науково-дослідний центр “Спадщина Києво-Могилянської академії” долучився до організації Міжнародної наукової конференції “Ad Fontes / До джерел” (Київ, 12–14 жовтня 2005 року), крім того, наукові працівники Центру взяли у ній участь як доповідачі:

• Задорожна О. Ф. День могилянського спудея;
• Яременко М. В. Вихованці Києво-Могилянської академії: світила першої величини та “червоні зорі”.

Результати та висновки досліджень представлено також і на інших конференціях, зокрема міжнародних:

• Задорожна О. Ф., участь у семінарі “Просопографія як метод історичного дослідження середньовічної епохи” (Сарагоса, 5–6 травня 2005 р.)
• Яременко М. В. Специфіка джерел з історії релігії та церкви та пов’язані з ними дослідницькі труднощі. Доповідь на Шостому міжнародному конгресі україністів (Донецьк, 28 червня – 1 липня 2005 р.)
• Яременко М. В. Дискутант на науковому семінарі “Поділений світ? Київська митрополія у штатах Речі Посполитої XVI–XVIII століть: спроба нового прочитання релігійних програм уніатів і православних” (Львів, 26 вересня 2005 р.)
• Яременко М. В. “До мене-де никто не им­ет власти, кромъ ясневельможного”: студентська самоідентифікація у могилянському мікросоціумі крізь призму конфлікту 1752 р. Доповідь на Міжнародній науковій конференції “Конфлікт та порозуміння в історії середньовічної і ранньомодерної Європи” (Київ – Рівне – Острог, 5–7 жовтня 2005 р.)

У 2004 році науково-дослідний центр долучився до організації та проведення круглого столу “Київська Академія в сучасних історичних та філософських студіях (здобутки, міфи, нові напрямки досліджень)” спільно з кафедрою філософії та релігієзнавства і кафедрою історії НаУКМА. Круглий стіл пройшов у рамках Щорічної наукової конференції НаУКМА.