Стратегічним планом розвитку НаУКМА до 2015 року визнано потребу трансформації НаУКМА в науково-навчальний заклад відповідно до принципової засади органічного поєднання навчання та наукової роботи в системі вищої освіти, що її сповідує університет.

Загальна концепція наукових досліджень у НаУКМА - "Україна: людина, суспільство, природа" - це цілісна система дослідницьких робіт, спрямованих на вивчення актуальних проблем гуманітарного, суспільного та природничого профілів. В університеті формуються й успішно розвиваються наукові школи під проводом знаних науковців:

• "Історія української філософії" - створена професором, доктором філософських наук Віленом Горським. Після його смерті цей науковий напрям очолює завідувач кафедри філософії, професор, доктор філософських наук Марина Ткачук.
• "Принцип верховенства права та проблеми його реалізації" - професор, доктор юридичних наук, заслужений юрист України Микола Козюбра;
• "Теорія методології і методів соціологічних досліджень" - професор, доктор філософських наук Володимир Паніотто;
• "Дослідження соціальних процесів у сучасному суспільстві, соціальної структури та соціальних трансформацій" - професор, доктор філософських наук Валерій Хмелько;
• "Економічний розвиток" - професор, доктор економічних наук Юрій Бажал;
• "Міжнародна економіка" - професор, доктор економічних наук Ігор Бураковський;
• "Моделювання фінансових процесів: бюджетна політика, монетарна політика, фінансова аналітика" - професор, доктор економічних наук Ірина Лук'яненко;
• "Мембранологія", створена професором, доктором хімічних наук Михайлом Бриком. Після його смерті цей науковий напрям очолює завідувач кафедри хімії, доцент, кандидат хімічних наук Анатолій Бурбан.

Кожного року в останній тиждень січня в університеті відбуваються "Дні науки НаУКМА". Це форум, на якому підбивають підсумки численних наукових заходів (конференцій, семінарів, доповідей) і наймасштабніших наукових досліджень року, що минув, обговорюють плани на майбутнє, відкривають нові імена молодих талановитих дослідників, проводять міждисциплінарні дискусії з найгостріших проблем сьогодення. "Дні науки НаУКМА" - це тиждень, насичений зустрічами науковців за круглим столом, спілкуванням фахівців різних спеціальностей.

В НаУКМА започатковано Премію імені Петра Могили, яку Вчена рада присуджує за вагомі наукові дослідження, що сприяють розвитку гуманітарних, суспільних та природничих наук, утверджують високий авторитет університетської науки на міжнародному рівні та опубліковані як монографії, енциклопедії, книги, підручники, навчальні посібники, цикли наукових праць тощо.

За час існування НаУКМА його науковці опублікували понад 3000 праць. З 1996 року університет розпочав видання збірки "Наукові записки НаУКМА". Свій перший десятилітній ювілей видання зустріло, маючи в своєму доробку понад 80 тематичних випусків, і майже всі вони включені ВАК України до "Переліку наукових фахових видань України, в яких можуть публікуватися результати дисертаційних робіт на здобуття наукових ступенів доктора і кандидата наук". Від 2007 року доступна електронна версія видання. Друге наукове періодичне видання НаУКМА - "Маґістеріум". З вересня також доступне в електронному форматі. Також університет долучається до інших видавничих проектів, сприяє розвитку видавничої справи та поширенню якісних україномовних видань.

Але всі ці здобутки - це лише перші кроки на складному шляху перетворення вищого начального закладу в потужний, знаний в усьому світі науковий центр, де відбуватиметься неперервний процес наукового пошуку, наукових дискусій і перемог, процес творчого спілкування та передачі знань, досвіду і вмінь молодому талановитому поколінню дослідників.