Історія історико-архітектурного комплексу НаУКМА як цілісного ансамблю, що формувався у ХVI-XIX ст., сьогодні усе ще знаходиться на стадії вивчення. Та деякі найважливіші періоди, пов’язані із проектуванням, зведенням та реставрацією чільних, національного значення, будівель, можуть слугувати за чудовий приклад, як найдавніший і найвідоміший вищий навчальний заклад Східної Європи постійно (і майже самотужки) підтримує й відновлює значні історико-культурні цінності. Кожна пам’ятка має свою неповторну історію занехаянь, нищень та відновлень. Із поверненням НаУКМА у рідні стіни 1991 року почався новий етап реконструкції та реставрації різних будівель, які довгий час знаходились у поруйнованому, а то й аварійному стані.
«Строкатість часових пластів Могилянського палімпсесту помічено переломними датами 1817, 1920, 1991 рр. Сучасний архітектурний ансамбль НаУКМА кожним корпусом відображає різноманітні масиви історичного часу: перший адміністративний корпус розташовано в будівлі ХІХ століття, зведеній Київською духовною академією (що її було «стерто» більшовиками після революції і далеко не «прочитано» досі); другий - емблематичний циркульний корпус НаУКМА - перебудовано в радянські роки військово-політичним училищем (стертим на початку 1990-х); Староакадемічний корпус XVIII ст. - архітектонічний аргумент на користь власне Могилянської ідентифікації цього складного палімпсесту. Комусь цей ансамбль нагадує «герменевтичне коло» для тлумачення, іншим - культурологічну мозаїку, збагачену присутністю Гете Інституту та British counsel, третім - постмодерністський puzzle, доповнений будівництвом нового корпусу на початку ХХІ століття. Ставки інтерпретацій «могилянського тексту» є дуже високими: від них залежать матеріальний стан стін Університету та інтелектуальний стан того, що в цих стінах відбувається...» (Костянтин СІГОВ. ІДЕЯ УНІВЕРСИТЕТУ І МОГИЛЯНСЬКИЙ ПАЛІМПСЕСТ, Часопис “Дух і літера” № 19, Університетська автономія, спеціальний випуск)
1703 року вихованець Могилянки Іван Мазепа заклав на території Братського монастиря будинок Академії, а вже 1704-го його було закінчено. Судячи з описів (зображень, на жаль, не залишилось), споруда була одноповерховою, з двопохилим дахом. Прямокутна в плані, вона містила шість класів і троє сіней. Кожні два класи мали один вихід, кожен із класів виходив двома вікнами на відкриту галерею, яку утворювали дев'ять кілеподібних арок. До класів вели три входи, центральний завершувався бароковим фронтоном.
Коли за наказом (і великою мірою — коштом) митрополита Рафаїла Заборовського 1739 р. був добудований другий поверх, тут розмістилися класи філософії та богослов'я, а також і Конґреґаційна зала, в якій почали відбуватися студентські диспути (раніше проводились у Святодухівській церкві). В результаті цих добудов, здійснених українським архітектором німецького походження Й. Г. Шеделем, корпус став триповерховим з однобанною церквою Благовіщення.
Архітектор залишив незайманим перший поверх, а надбудову зробив майже ажурною: у центрі на два поверхи підносилась лоджія з огорожею та колонами. Уся будівля перекривалася чотирисхилим із заломами дахом, характерним для стилю бароко. Нижній склепінчастий поверх з товстими стінами (1,3 м) складався з трьох частин, кожна з яких мала по дві класних кімнати, розділених вузькими сіньми. Тут містилися класи нижніх та середніх ступенів навчання (інфими, фари, граматики, синтаксими, поетики, риторики). Верхній поверх призначався для вищих класів. Сполучення між аудиторіями здійснювалося через аркову галерею (тепер закладена), між поверхами – через сходи у торцях. У східному та західному торцях відповідно розташовано об’єми Благовіщенської конгрегаційної церкви та філософського класу (вікна на площу), у центрі — зала для диспутів та зборів (конгрегацій), театральних вистав та клас богослов’я.
Вважається, що це була найкраща подільська споруда І пол. XVIII ст. — кияни намагалися повторити її форми, зокрема відкриту балюстраду, у своїх приватних будинках. На честь відкриття Конґреґаційної зали студенти піднесли Р. Заборовському гравюру, виконану вихованцем Києво-Могилянської академії, відомим художником-гравером Г. Левицьким-Носом.
Під час пожежі 1811 року будівля разом із Благовіщенською церквою горіли: вщент зникли перекриття і дерев'яні конструкції, залишилась лише кам'яна коробка. Корпус було відбудовано за проектом архітектора А. Меленського, який намагався надати усім спорудам Подолу рис домінуючого тоді у Російській імперії стилю класицизм, однак для Староакадемічного зробив виключення. У процесі відбудови корпусу 1824 року було змінено форму понівеченого пожежею даху, арки ж галереї нижнього поверху зміцнено додатковими пілонами.
У 70-х роках XIX ст. будівлю знову перебудували — змінили вигляд південного фасаду. Під приводом розташування на другому поверсі бібліотеки, були замуровані вікна, що виходили на верхню галерею, а згодом і сама галерея. Будинок отримав різні фасади. Нижній ярус – з рідко розставленими віконними прорізами, широкими лопатками. Верхній поверх розділено спареними пілястрами, оформлено бароковими ліпними орнаментами.
1872 року при Київській Духовній академії заснували Церковно-Археологічний музей (існував до 1923 року), і під час його облаштування було замуровано й галерею першого поверху. Музей, що розмістився в шести залах будівлі, завдяки сорокалітній самовідданій праці професора М. І. Петрова зібрав у своїх стінах величезні скарби.
Після революції 1917 року музейні експонати були розпорошені: більшість з них потрапила до Лаврського музею культів та побуту Київської губполітпросвіти, а рукописи і книги - до Всенародної Бібліотеки України. Чимало речей під час різних переміщень зникло. 1929 року будинок знадвору відремонтовано і пофарбовано у два тони. Тут містилася книгозбірня колишньої Академії, що становила складову частину Всенародної бібліотеки при ВУАН (Всеукраїнська Академія Наук), мала близько158 тис. томів, серед яких були книги ще з першої академічної книгозбірні часів П. Могили. Для зберігання книжок по периметру стін верхнього поверху були зроблені фундаментальні, до стелі, книжкові шафи, для сполучення першого і другого поверхів - гвинтові чавунні сходи. Під час проведення повітряного опалення у другій половині ХХ ст. збудували також і підвальне приміщення, а головний вхід закрили скляним тамбуром.
І донині на сходах, що ведуть до знаменитої Конґреґаційної зали, знаходиться картина невідомого художника І половини ХІХ ст., із зображенням Академії, з усіма будівлями, церквою Благовіщення, собором, дзвіницею замість Циркульного корпусу.
Староакадемічний, або Мазепин, корпус зображений на купюрі в 500 гривень, а також на логотипах Українського наукового інституту Гарвардського університету (США) та Інституту української археографії та джерелознавства ім. М.С. Грушевського НАН України.
Нині в Староакадемічному корпусі розташовується Дослідницька та мистецька бібліотеки, відділ найцінніших стародруків, книгозберігання та науковий архів НаУКМА. Тут розміщуються 53 унікальні бібліотечні колекції книгозбірень діячів науки та культури України, української діаспори, працює Центр візуальної культури та відбуваються мистецькі імпрези.
Збудована за проектом Й.Г. Шеделя з 1732 р. як домова церква для спудеїв Києво-Могилянської академії: у її оздобленні відчувається вплив зрілого німецького бароко, а у формах – його слов’янського варіанту. Церква, з’єднана із Староакадемічним корпусом, була освячена 1 листопада 1740 року. Чимало зусиль і особистих коштів для її побудови доклав митрополит Рафаїл Заборовський.
У грудні 1996 р., після тривалого занепаду, церква почала відроджуватись на правах домової, студентської церкви.Перший етап реставраційних робіт Благовіщенської церкви закінчився укріпленняv перекриттів та підняттям хреста 1999 року. Нині тут могилянці, мешканці Києва і гості можуть здійснити обряди. Церкву передано в підпорядкування церковній громаді Української православної церкви (Київського патріархату), тут існує церковний хор, на виступи котрого сходяться не лише прихожани.
Одна з основних будівель, що формують сучасний вигляд Контрактової площі. В її основі — дзвіниця, збудована визначним українським архітектором С.Д.Ковніром у 1756-59 роках. Слугувала за вхід до Братського монастиря і Богоявленського собору. Наприкінці ХІХ століття до дзвінниці прибудували півкруглі одноповерхові ятки, на початку ХХ століття до них додали ще один поверх. Після кількох добудівель і фундаментальних переробок у 50-х роках ХХ століття вхід до Києво-Братського монастиря перетворився на чільний корпус Військово-Морського училища: два верхніх поверхи дзвіниці розібрали 1934-го, коли висадили у повітря й Богоявленський собор, а по закінченню Другої Світової війни нижній поверх її розширили псевдокоринфським портиком. За ним добудували ще один об’єм, на колишніх ятках додали ще два поверхи, і у плані корпус став схематично подібний на якір. Після повернення КМА у рідні стіни саме цей корпус став архітектурний логотипом НаУКМА.
Нині тут розташовується факультет природничих наук, загальноуніверситетські кафедри – англійської мови та фізичного виховання, господарські служби.
У 1822-25 роках споруджено за проектом Л. Шарлемана архітектором А.Меленським для Київської духовної Академії, яку відкрили на заміну КМА 1819 року. Триповерховий корпус містив навчальні аудиторії та квартири викладачів Духовної Академії, на третьому поверсі був гуртожиток студентів духовної академії. 1846 року за проектом архітектора П. Спарро було добудовано додаткові приміщення.
1863-64 рр. корпус ще раз перебудовано у стилі пізнього классицизму. На фронтоні внутрішнього входу, зверненого до Богоявленського собору, була намальована розкрита Біблія. Представники військово-морського училища, коли на місці собору постав плац, переробили зображення на свою емблему - якір із гаслом "Партия - ум, честь и совесть народа".
Після відродження КМА будівлю відремонтували, але зображення не змінювали. Нині тут розташовуються факультети інформатики та факультет гуманітарних наук, філологічна бібліотека, адміністративні служби.
Офіційну резиденцію ректора Академії, що був одночасно ігуменом Братського монастиря, збудовано за Касіяна Мехницького. Автор проекту 1781 р. наразі не встановлений. У 20-х роках XIX ст. за проектом архітектора А. Меленського здійснено перебудову, яка не зберегла первинне планування, але не порушила стилістичних ознак деяких оздоб будівлі, характерних для стилю пізнього бароко.
Попри статус пам’ятки, що охороняється державою, катастрофічний стан будівлі потребує негайного відновлення
Корпус, датований 1826 роком (авторство не встановлено), з північного боку прилягає до монастирських мурів, ймовірно – задумувався як суголосний йому стилістично. З середини ХХ століття складає спільний об'єм з Будинком ігумена.
Має статус пам’ятки, що охороняється державою. Однак знаходиться у вкрай занедбаному стані, потребує негайного відновлення
Одна з найдавніших будівель Подолу, датується кінцем ХVI-початком XVII ст. У сучасному середовищі Могилянки будівлю традиційно називають Галшчиним Домом, оскільки поруда знаходиться на тій території, де був колись розташований двір славнозвісної фундаторки.
Стіни та піч, де пікся монастирський хліб, були побудовані зі старої “мазепинської” цегли, скріпленої вапняним розчином. Приміщення поварні має старі льохи, де зберігалися запаси братського борошна та інших харчів. Разом з Трапезною за навчальний корпус слугувала до побудови Староакадемічного корпусу.
З 1992 року НаУКМА самотужки утримувала комплекс від руйнування.
2005 року держава виділила частину необхідних коштів на реставраційно-ремонтні роботи, 08 лютого 2007 року відбулось відкриття комплексу, де розміщені зали музею «Шлях української звитяги» і нині облаштовується колекція експонатів музею.
Перша інформація про Борисоглібський храм у Братському монастирі відноситься до 1625 р., за повідомленням Мелетія Смотрицького. Відомий києвознавець Микола Закревський називав іншу версію побудови церкви — ніби на цьому місці була церква Зачаття Святої Анни: “Эта первоначальная церковь носила название конгрегационной..., потому, что в ней 9 декабря в день ангела Анны Гулевичевны, происходили выборы чинов академических”. Правда, що в Академії відзначали це свято як свято своєї ктиторки навіть у кінці XIX ст., оскільки Гашка (Гелжбета) Гулевичівна Лозчина мала і друге ім`я — Анна.
Борисоглібський храм описував і Павло Алепський 1653 року, який бачив тут церкву-базиліку з мармуровими порталами, яка ніби за легендами була побудована Петром Могилою. Однак усі ці попередниці цієї, Борисоглібської церкви, були реконструйовані Іваном Мазепою і новоосвячений Борисоглібський “студентський” храм мав служби над нижнім приміщенням Трапезної.
1740 р. про долю Борисоглібської церкви турбувався префект академії Михаїл Козачинський - просив митроплита Рафаїла Заборовського про ремонт уже старого крилосу церкви, дозвіл на який дав можливість укріпити стару споруду. У Борисоглібській церкві з 2-ї пол. XVIII ст. зберігалася могилянська бібліотека, пожежа її 1786 року призвела до втрати більш ніж 8-и тисяч томів. Величезна подільська пожежа 1811 р. остаточно зліквідувала назву Борисоглібського храму — натомість з`явилася церква Зішестя Святого Духа або Святодухівська. У 20-х роках ХІХ перебудована архітектором А. Меленським за принципом кругової прибудови.
У 2005-2007 роках відбулась повна реконструкція приміщення.
Нині у верхньому приміщенні церкви відбуваються концерти камерної музики, наукові історичні конференції, читання, семінари, зустрічі, у нижньому приміщенні храму правляться служби за могилянськими та основними церквоними святами. Попри кризові труднощі, оформлення експозиції Музею триває, і до літа 2011 р. він має почати своє повноцінне функціонування.
У колишньому монастирському дворі, поміж Святодухівською церквою і монастирськими келіями, зберігся сонячний годинник, сконструйований наприкінці XVIII ст. викладачем академії французом Брульоном для занять з астрології. Є «старшим братом» сонячних годинників, розміщених у верхній частині фонтану Самсон, та на відміну від тих, що згоріли у пожежі 1811 року, «вертикальний» зберігся до наших днів, пройшовши лише через одну реставрацію 1970 року
Бурсами називали студентські гуртожитки бурсаків - бiдних студентів, якi часто знаходились на утримaннi навчального закладу. Пiзнiше назва «бурса» перейшла на гуртожитки духовних навчальних закладiв.
Митрополит Петра Могила в огорожі Братського училищного монастиря збудував першу дерев"яну бурсу, що належала Колегіуму, а 1719 р. коштом митрополита Рафаїла Заборовського i його попередника Івана Кроковського, його було добудовано. 1760 р. було придбано земельну дiлянку бiля церкви Миколи Набережного, і 1765 р. скiнчили будівництво дерев"яної бурси на кам"яному фундаментi. Дерев"янi роботи виконував майстер Петра Недiлка, кам"янi - вихованець Академії, видатний apxiтeктop Іван Григорович-Барський. 1778 р. завершили спорудження нинi icнуючого мурованоro будинку бурси за проектом І. Григоровича-Барськoro на старому фундаментi коштом митрополита І. Кременецького. Видовжений одноповерховий корпус мав два бiчнi виступи у напрямку вулицi, прикрашенi барочними фронтонами. У 1809-1811 рр. за проектом архiтектора А. Меленського було надбудовано другий поверх, будiвлю обряджено класицистичним «вбранням», притаманним XIX ст.. Середню частину прикрашено чотириколонним портиком, з"явилися колони, трикутні фронтончики над вiкнами. У 1819-1832 рр. у її cтінax розмicтилась духовна семiнарiя, потім - Києво-Подiльське духовне повiтове училище. У серединi XIX ст., коли будинок пристосовувався пiд шпиталь, було закладено портик, здiйснено внутрiшнє перепланування.
Києво-Подiльська бурса пов"язана з iм"ям ще однієї видатної особистостi. Тут встановлено меморіальну дошку, прикрашену бронзовим барельєфом С.С. Гулака-Артемовського роботи скульптора Галини Кальченко.
Нині в будівлі розміщуються Правнича клініка факультету правничих наук, Приймальна комісія, Науково-педагогічний центр доуніверситетської підготовки, Освітні студії КМА.