Як державний заклад освіти НаУКМА провадить свою діяльність відповідно до Конституції України, законів України «Про освіту», «Про вищу освіту», «Про наукову і науково-технічну діяльність», актів Президента України, Кабінету Міністрів України, інших нормативно-правових актів України, Статуту
НаУКМА, затвердженого постановою Кабінету Міністрів № 1325 від 22 серпня 2000 року.
Навчання в НаУКМА, робота основних керівних органів НаУКМА та структурних підрозділів регламентуються відповідними положеннями, затвердженими у встановленому порядку.
Наглядова рада — орган, який надає допомогу в забезпеченні життєдiяльності НаУКМА та здійснює контроль за його діяльністю. Персональний склад Наглядової ради затверджується Кабінетом Міністрів України.
Академічна конференція – орган громадського самоврядування.
Президент НаУКМА – найвища посадова особа, яка здійснює загальне керівництво НаУКМА і несе відповідальність за результати його діяльності, вирішує особливо важливі питання життєдіяльності, контролює та координує роботу ректорату і Вченої ради, здійснює зовнішнє представництво НаУКМА.
Вчена рада – дорадчий орган з питань наукової і навчальної роботи, що здійснює свою діяльність відповідно до Положення про Вчену раду НаУКМА.
Представницькі, громадські організації та органи, що сприяють відродженню Києво-Могилянської академії і розвитку НаУКМА:
Почесний президент
Міжнародна консультаційна рада;
Довірча рада;
Студентська колеґія;
Художня рада
Міжнародна консультаційна рада – представницький орган НаУКМА за кордоном, до складу якого входять визначні діячі науки, культури, релігії, а також державні діячі (за згодою). Міжнародна консультаційна рада сприяє розширенню зв’язків НаУКМА з іншими університетами світу.
Довірча рада
— громадський дорадчий орган Національного університету «Києво-Могилянська академія», що сприяє успішній діяльності та розвитку НаУКМА як провідного українського університету світового рівня. Довірча рада формується на засадах індивідуального членства. До участі в її роботі запрошені особи з активною громадською позицією, які мають визнання і авторитет у професійних колах і своє майбутнє нерозривно пов’язують з Україною, дбають про її економічний розвиток і престиж у світі.
Студентська колеґія – орган студентського самоврядування.
Художня рада – дорадчий орган, створений з метою втілення в життя концепції культурно-мистецької діяльності НаУКМА та сприяння всебічному розвитку співробітників та студентів НаУКМА.
Профспілка – повноважний представник працівників і захисник їх трудових, соціально-економічних прав та інтересів. Сприяє встановленню ділових партнерських взаємовідносин з адміністрацією університету.