Наукова діяльність співробітників НаУКМА розглядається як цілісна система дослідницьких робіт, спрямованих на вивчення актуальних проблем гуманітарного, соціального та природничого профілів. Загальна концепція наукових досліджень у НаУКМА - "Україна: людина, суспільство, природа", враховуючи розмаїття напрямів університетської науки, органічно охоплює такі конкретизовані напрями наукової діяльності на факультеті:
Математичне моделювання соціальних і економічних процесів.
Сучасні інформаційні технології.
Мультимедійні системи та електронні видання.
Методи розподіленого програмування.
Сучасні методи теорії програмування.
Інструментальні засоби підтримки дистанційної освіти.
Створення інтерактивних мережевих онтологічних систем дистанційної освіти.