Наукова діяльність співробітників НаУКМА розглядається як цілісна система дослідницьких робіт, спрямованих на вивчення актуальних проблем гуманітарного, соціального та природничого профілів. Загальна концепція наукових досліджень у НаУКМА - "Україна: людина, суспільство, природа", враховуючи розмаїття напрямів університетської науки, органічно охоплює такі конкретизовані напрями наукової діяльності на факультеті:
Історія філософії (Київ в історії фiлософії України).
Східна і Центральна Європа як об'єкт історії та геополітична реальність.
Культура українського бароко. Моделі світу в історії цивілізаційного розвитку людства.
Арістотель та сучасність.
Проблема функціонування, вивчення та викладання української мови.
Науково-методичні особливості комунікативно орієнтованого викладання англійської мови.
Впровадження та адаптація зарубіжних методик вивчення іноземних мов.
Спадщина Києво-Могилянської академії.
Історія бібліотеки Києво-Могилянської академії.
Політичні трансформації посткомуністичного суспільства (проблеми оптимізації cтратегії забезпечення національних інтересів України).
Становлення та розвиток політичної системи суверенної України.